Hammer Bakker er et stort moræneområde – næsten en bakkeø i forhold til det flade limfjordslandskab på gammel havbund. Fra syd og øst ses bakkerne som et markant skovbevokset bakkedrag.

Indtil 15-1600-tallet var bakkerne domineret af løvskov. Fældning af skoven og kreaturgræsning gjorde en ende på skoven. De næste 2-300 år var Hammer Bakker stort set uden skov. Den sandede jord gjorde det vanskeligt at dyrke jorden med et udbytte, der kunne give føden til en familie.

Tilplantningen med nåletræer, der begyndte i slutningen af 1800-tallet, har fuldstændig ændret bakkerne. Da man i begyndelsen af 1900-tallet gik i gang med at frede dele af Hammer Bakker, lagde man stor vægt på at bevare de mange flotte udsigter over de flade Limfjordslandskaber. Man kunne i øst se til Hals med Limfjordens munding og mod vest til klitterne ved Vesterhavet.

Allerede dengang var man godt klar over, at den tilplantning der var i fuld gang, ville fjerne udsigterne. Bakkerne er dybt furede med mange regnvandskløfter, dannet efter istiden. De sandede bakker har ingen egentlige vandløb og kun få og små vådområder.